Пифагор (6 в. до н.э.) был тоже озабочен проблемой: «Из чего все?», но решил ее иначе, чем милетцы: « Все есть число» - вот его исходная позиция. Он первый назвавший философию этим именем, трудился не в одиночку, а в организованной им школе, куда, кстати, входили и женщины. Именно в числах пифагорейцы усматривали свойства и отношения, присущие различным гармоническим сочетаниям сущего. Пифагорейцы видели в числе и математических отношениях объяснения скрытого смысла явлений, законов природы. Они изучали зависимость характера звучания инструментов от длины струн, искали простые числовые отношения в геометрии и астрономии. Пифагор разрабатывал различного рода математические доказательства, что способствовало развитию принципов точного рационального мышления.

Пифагорейцы одними из первых тонко осмыслили значимость числа не только в конкретно-научном, но и в философском мышлении. Пифагор учил, что душа бессмертна. Ему принадлежит идея перевоплощения душ. Он считал, что все происходящее в мире снова и снова повторяется через определенные периоды времени, а души умерших через какое-то время вселяются в других, животворяя их телесность.